زيت الليمون يُعدّ غير صالحٍ للأكل، ولكنّه يُستخدم عن طريق وضعه على الجلد أو استنشاق رائحته، كما يُوصى بعدم وضع زيت الليمون بشكل مباشر على الجلد، أو أن يتم استخدمه بكميات كبيرة، ويمكن خلط زيت الليمون مع زيوت أخرى مثل زيت الجوجوبا، أو زيت اللوز الحلو، أو زيت الأفوكادو، كما يمكن وضع قطرة أو قطرتين منه على الجلد أو إضافته إلى الحمامات، ويمكن أيضاً استنشاق زيت الليمون العطري بعد رشّه على القماش.
يُنصح بعدم استخدام زيت الليمون النقي وتطبيقه بشكلٍ مباشرٍ على البشرة، أو الإفراط في استخدامه بكمياتٍ كبيرة؛ لتفادي التعرض للمواد السامة، ويُفضل استخدامه بتخفيفه مع إحدى أنواع الزيوت الناقلة كزيت اللوز الحلو، وزيت الأفوكادو، وزيت الجوجوبا، وذلك بخلط نقطة أو نقطتين من زيت الليمون الأساسي، مع إحدى الزيوت الحاملة، وتطبيقه على البشرة، أو يمكن إضافته لحوض الاستحمام، ويمكن استخدام زيت الليمون للعلاج بالروائح عن طريق وضع بضع قطرات منه على قطعة قماش واستنشاقها، أو يمكن إضافته للمبخرة.