وجهت المصلحة الوطنية لنهر الليطاني كتابا الى وزير الزراعة الدكتور حسن اللقيس، طلبت بموجبه "تشكيل لجنة مشتركة بين المصلحة ووزارة الزراعة وتعزيز الجهود لمكافحة التلوث في مياه نهر الليطاني وبحيرة القرعون الناتج عن الأنشطة الزراعية والذي تسبب بفقدان التوازن البيئي في البحيرة من خلال نمو غير منظم للطحال والبكتيريا السامة (cyanobacteria) بسبب خصوبة المياه الناجمة عن تدفق مياه الصرف الصحي والمخصبات الناتجة عن النشاط الزراعي في منطقة البقاع".
كما طلبت المصلحة في كتابها "التعاون المشترك في الكشف على المزارع الواقعة في حوض نهر الليطاني وقرب مشاريع الري التابعة للمصلحة الوطنية لنهر الليطاني كافة، والتأكد من مدى تسببها في تلويث الموارد المائية، ومدى التزامها بالقرار رقم 16/1 تاريخ 21/3/2001 الشروط البيئية لرخص انشاء و/او الاستثمار لمزارع الابقار والدواجن... ومتابعة الملاحقة القضائية والادارية للمزارع المخالفة وفرض التزامها البيئي. بالإضافة الى القيام بإرشاد زراعي مكثف ومشترك وصولا الى تقليص استعمال المبيدات الزراعية والأسمدة ومنع ظاهرة الري بمياه الصرف الصحي وتبادل المعلومات حول النشاط الزراعي في منطقة حوض نهر الليطاني والتعاون لنشر ثقافة الاستخدام المستدام للموارد الطبيعية في الإنتاج الزراعي والحيواني".