اختير محمد مرسي عضوا بـ"لجنة مقاومة الصهيونية" بمحافظة الشرقية، كما اختير عضوا بالمؤتمر الدولي للأحزاب والقوى السياسية والنقابات المهنية، وهو عضو مؤسس باللجنة المصرية لـ"مقاومة المشروع الصهيوني".
وانتمى للإخوان المسلمين فكرا عام 1977 وتنظيميا أواخر عام 1979 وعمل عضوا بالقسم السياسي بجماعة الإخوان المسلمين منذ نشأته عام 1992.
وترشح لانتخابات مجلس الشعب عام 1995، وانتخابات 2000 ونجح فيها وانتخب عضوا بمجلس الشعب المصري عن جماعة الإخوان وشغل موقع المتحدث الرسمي باسم الكتلة البرلمانية للإخوان.
وفي انتخابات مجلس الشعب عام 2005 حصل على أعلى الأصوات وبفارق كبير عن أقرب منافسيه، ولكن تم إجراء جولة إعادة أعلن بعدها فوز منافسه. كان من أنشط أعضاء مجلس الشعب وصاحب أشهر استجواب في مجلس الشعب عن حادثة قطار الصعيد وأدان الحكومة وخرجت الصحف الحكومية في اليوم التالي تشيد باستجوابه.
وشارك محمد مرسي في تأسيس الجبهة الوطنية للتغيير مع عزيز صدقي عام 2004، كما شارك في تأسيس الجمعية الوطنية للتغيير مع محمد البرادعي عام 2010، كما شارك في تأسيس التحالف الديمقراطي من أجل مصر والذي ضم 40 حزبا وتيارا سياسيا عام 2011.
الطريق إلى سدة الحكم
وفي 30 أبريل 2011 انتخبه مجلس شورى الإخوان رئيسا لـ"حزب الحرية والعدالة" الذي أسسته الجماعة بجانب انتخاب عصام العريان نائبا له ومحمد سعد الكتاتني أمينا عاما للحزب.
واعتقل مرسي مرات عدة، إذ قضى 7 أشهر في السجن بعد أن اعتقل صباح يوم 18 مايو 2006 من أمام محكمة شمال القاهرة ومجمع محاكم الجلاء بوسط القاهرة، أثناء مشاركته في مظاهرات شعبية تندد بتحويل اثنين من القضاة إلى لجنة الصلاحية بسبب موقفهما من تزوير انتخابات مجلس الشعب 2005 وأفرج عنه يوم 10 ديسمبر 2006.
كما اعتقل في سجن وادي النطرون صباح يوم جمعة الغضب 28 يناير 2011 أثناء ثورة 25 يناير مع 34 من قيادات الإخوان على مستوى المحافظات لمنعهم من المشاركة في جمعة الغضب وقام الأهالي بتحريرهم يوم 30 يناير بعدما ترك رجال الأمن السجون خلال الثورة.
وبعد أن دفع حزب الحرية والعدالة بالاتفاق مع "جماعة الإخوان" بخيرت الشاطر مرشحا لانتخابات الرئاسة المصرية 2012، قرر الحزب في 7 إبريل 2012 الدفع بمرسي مرشحا احتياطيا للشاطر كإجراء احترازي خوفا من احتمالية وجود معوقات قانونية تمنع ترشح الشاطر.
وقررت لجنة الانتخابات الرئاسية بالفعل استبعاد الشاطر وتسعة مرشحين آخرين في 17 أبريل، ومن ثم قررت جماعة الإخوان المسلمين وجناحها السياسي المتمثل في حزب الحرية والعدالة، الدفع بمحمد مرسي، الذي قبلت اللجنة أوراقه، مرشحا للجماعة.
المحاكمة
ووجهت لمرسي أحكام عدة منذ عزله، منها التخابر مع جهات أجنبية وقضية الفرار من السجن إبان ثورة 2011، بالإضافة إلى إهانة القضاء.