إن أهم الأسباب التي دعت الإمام موسى الصدر إلى تأسيس المجلس الإسلامي الشيعي الأعلى هو غياب الطائفة الشيعية عن مسرح الأحداث وعن مائدة الوظائف والموازنات وأن النواب يمثلون مناطقهم رغم انتخابهم الطائفي،والمناطق اللبنانية مختلطة،وأن النواب يمثلون بعد الإنتخاب الوطن كله في النظام البرلماني..؟
كما كان هناك من يقول: إن الطوائف الأخرى كلٌ منها تتمثل في مجلس مركزي أعلى يمثلها، وان الشيعة في حاجة إلى مجلس أعلى لكي تعالج هذا التصنيف الطائفي..
وبما أن النظام الطائفي الذي يسود البلد،والطائفة الشيعية هي من الطوائف الكبرى ورغم تحملها الحرمان والبعد عن الوظائف وبذلت الكثير من دمائها وشبابها وتحملت أعباء الإحتلال ومقاومته بشكل كبير ـ مع التقدير لكل اللبنانيين والطوائف والأحزاب المقاومة ـ وبعد صراعٍ مرير وبحث طويل، ولد المجلس بعد مخاضٍ عسير في /17/ أيار/ عام 1969م/..
رفض الإمام الصدر أن يتحول المجلس إلى مؤسسة شكلية تزين الحكام وتكمل زينة البلاد والطقوس الفارغة التي تخدِّر أحياناً وتغضب المحرومين دائماً..
وقال الصدر: " اجتمعنا في جلسة يوم /8/ شباط/ عام 1974م/ حيث وضعت تفاصيل المطالب وهي: المشاركة في الوظائف العامة،ورفض تصنيف المواطنين طائفياً، وأن تكون الكفاءة هي المعيار الحاسم في شغل الوظائف العليا سواء في الإدارة أو القضاء أو الجيش أو قوى الأمن الداخلي، حتى لا يبقى محروم واحد..."
إقرأ أيضًا: مفتي موديل السنة...!
وأضاف الصدر: " لقد بدأنا الحركة بهذا الأسلوب لأننا نؤمن بالله ونعرف أن الذي لا يهتم بأوضاع المحرومين هو كافرٌ به وهو مكذِّب بالدين حسب النص القرآني.." وختم قائلاً: " ولأننا نؤمن بلبنان وطناً عزيزاً تجب علينا صيانته ومنعه من الإنفجار ونعرف أن التصنيف والظلم قضيا على بلاد كثيرة ولا نريد أن نرى وطننا ممزقاً منفجراً من الداخل... "(كتاب الصحفي عادل رضا ـ مع الإعتذار للإمام الصدر ـ ص / 94 ـ 97 / دار الحوراء/ بيروت)...
بعد غياب المؤسس ـ أعاده الله ورفيقيه ـ أمسك الفقيه المغفور له الشيخ محمد مهدي شمس الدين بالمجلس الشيعي غرفة غرفة، وحجراً حجراً، ورغم إختلافه مع دولة الرئيس نبيه بري في فترة من فترات العلاقة الساخنة بينهما، بقي الشيخ "رحمه الله" رباً لبيت الطائفة ودون منازعة حتى من شخص الرئيس بري رغم ما يملكه الرئيس من قدرات متجاوزة لقدرات الشيخ وعلى المستويات السياسية كافة، بالرغم من ذلك بقي المجلس حوزة الشيخ وساحته المفتوحة على خياراته وإداراته لكل مناشط المجلس حتى التوظيفات وبنسبة كبيرة كانت خاضعة لمزاج الشيخ ولرأيه بالمعنيين في الإفتاء والقضاء وصغار الكتبة..
بعد وفاة الشيخ شمس الدين ـ رحمه الله ـ إستلم الشيخ عبد الأمير قبلان رئاسة المجلس وأصبح أصغر حجماً وأشبه بقرية صغيرة جنوبية يتقاسمونها فيما بينهم وأكثرهم شيوخ مبطانين لا شغل لهم سوى تحصيل حصانة تخولهم إلى تحصيل المال وجوازات سفر عابرة لكل الحدود الدينية وغيرها، والبعض حصل على مركز إفتاء بطرق ملتوية وهم متخمون وازدادوا تخمة فوق تخمتهم ويتصدرون الوعظ للمحرومين من طائفة الإمام الصدر ورئيسها الأخ نبيه بري، وسماحة الشيخ قبلان قد عين نجله مفتياً جعفرياً، مما جعل من الأخوة الحركيين والحريصين على إرث الإمام الصدر إجتياحاً لمؤسسة كان هدفها كل المحرومين من كل الطوائف، وإذ بهم يحولونه إلى مؤسسة خاصة حرمت الكثيرين من أبنائها العاملين في حركة أمل مع رئيسها الأخ نبيه بري، وقرَّبت الذين وأدوا حركة المؤسس موسى الصدر في نشأتها وهم اليوم بدورهم يحاولون وأدها في حياة الرئيس نبيه بري، وهم يا دولة الرئيس يمسكون بتلابيب هذه المؤسسة وبخيراتها ووظائفها، ونحن كما الكثيرون ممن عملوا في مواقع المسؤولية في حركة المحرومين أبعدونا عن هذه المؤسسة وقرَّبوا من وأدنا صغاراً وكباراً..
دولة الرئيس نبيه بري "حفظكم الله" بفضل الله وبفضل دماء المجاهدين جميعاً وبفضل سياستكم الحكيمة ونهج المقاومة اليوم أصبحت الطائفة تملك عزة وكرامة وقوة ونفوذ وهذا ما سعى إليه إمامنا المغيب وحملتم أمانته وأكملتم السعي في الحفاظ على هذا النهج، فلله الحمد لم نعد بحاجة إلى هذه المؤسسة التي يتقاذفها الأبعدون ويتاجرون بها ويملكون وظائف ورواتب من دون الحاجة إليهم فهم عال علينا وعلى المحرومين وعلى مؤسسة أسسها قائد المحرومين، فلتنزع منهم فلا حاجة للطائفة بهم وبمفتيهم وبصغار كتبتهم وبعضهم حاربونا أيام قل النصير والناصر....
دمتم موفقين وحفظكم الله وأعاد إمامنا ورفيقيه إلى حضن كل محروم..