طالت الاعتقالات التي جرت في أعقاب إفشال الانقلاب بتركيا، ضباطاً كباراً في المؤسسة العسكرية التركية التي أعلنت في بيان لها ولاءها المطلق للشعب والدولة. واجتاحت عاصفة إقالات واعتقالات المؤسسة العسكرية التركية قد تكون الأعنف منذ تأسيس الجيش التركي الحديث عام ثلاثة وعشرين من القرن الماضي.
ومن أبرز رموز المؤسسة العسكرية التركية الذين تم اعتقالهم:
1-الجنرال أكين أوزتورك قائد سلاح الجو التركي السابق
2- الجنرال آدم حدوتي قائد الجيش الثاني الذي ينتشر في العاصمة أنقرة
3- الجنرال ميتين ايديل قائد الوحدات الطبية والدراسية في الجيش الثالث
4- الاعتقالات أيضا شملت ايردم كارجين قائد الجيش في بحر ايجة
6- العميد صالح كيرهان مسؤول المنطقة سبعين لمعامل التسليح في أنقرة
7- اللواء مصطفى يلماظ مسؤول المدارس الحربية في اسطنبول
8- العميد إيردم كارجين قائد حرس الحدود للمنطقة الجنوبية الشرقية
9- اللواء محمد أكيورك القائد العسكري في ولاية بالك كاسير قرب اسطنبول
10 - العميد نجات اتيلا ديميرهان القائد في القوات البحرية في منطقة مرسين جنوب البلاد
11 - اللواء متين الفاج القائد العسكري البارز في المنطقة الجنوبية
12- المستشار القانوني لرئيس الأركان التركية العقيد محرم كوسا
كما قامت قوات الأمن التركي بإلقاء القبض على عدد كبير من الضباط والجنود بتهمة المشاركة في الانقلاب، حيث بلغت الاعتقالات نحو ثلاثة آلاف جندي وضابط وصف ضابط حتى الآن وسط توقعات بأن تتواصل هذه الحملة لتطال من يتهم بتأييده لما يصفه أردوغان بالكيان الموازي المعارض ولو لم يشارك في محاولة الانقلاب.