في عام 2011 أسّس السجناء السياسيون المتطرفون حركة أحرار الشام الاسلامية وهي واحدة من أكبر الميليشيات السورية وقد عملت في محافظة ادلب شمال غرب سوريا بجانب الحدود التركية ولكنها شملت مقاتلين من حماة وحلب ويقود هذه الحركة حسن عبود وأبو خالد السوري الذي اعترف بأنه كان مجاهداً في تنظيم القاعدة وقد سعت هذه الحركة الى اسقاط نظام الأسد وبناء دولة اسلامية ولكنها اختلفت عن باقي الجماعات المتطرفة في كونها تعترف بأن السوريين لا يرغبون حالياً في تقبل مشروع الدولة الاسلامية ولذلك دعت الى اعتماد منهج قائم على التريث والتأني لسنوح الفرص الثمينة وقد تعاونت الحركة مع مجلس القيادة العسكرية العليا ولكنها انفصلت لاحقاً عنه .
في ايلول 2013 شكل زهران علوش ابن الشيخ عبدالله محمد علوش مجموعة جيش الاسلام بعد أن أطلق سراحه من السجن الرئيس السوري بشار الأسد مع سجناء اسلاميين آخرين ويؤمن علوش ومن معه في مجلس الشورى بتعرض سوريا لغزو ايراني وبعدم التفاوض مع النظام الأسدي .
قاد أبو محمد الجولاني جبهة النصرة لأهل الشام بحثاً عن نظام ديني يقوم على تطبيق الشريعة ومن موقع الارتباط الوثيق و اللاصيق بتنظيم القاعدة وهذا ما دفع الولايات المتحدة الى وضع النصرة على قائمة المنظمات الارهابية الاّ أن جماعات مجلس القيادة العسكرية العليا اعترضت على ذلك واعتبرت أن النصرة تلعب دوراً مهماً في الحرب ضدّ نظام الأسد ومن ثم وقع الخلاف المباشر معها وبدأت انتقادات الثوار لجبهة النصرة تطفو على السطح السوري فأصدرت حركة أحرار الشام بياناً نشرته على صفحتها الالكترونية وفيه انتقدت الجبهة ومتهمة اياها بالطائفية وبإضعاف قضية الثورة بسبب ارتباطها العلني بتنظيم الظواهري وبتسرّع الجبهة في دعوتها الى الدولة الاسلامية .
اعتبر تنظيم الخلافة " داعش " نفسه دولة يجب الاعتراف بها فظهرت التباينات ما بين فصائل الثوار وبين تنظيم الدولة الذي بدأ بقتال المعارضة السورية أكثر مما قاتل نظام الأسد فاستولى على مقر قيادة الجماعات الثورية وسجن وعذب وقتل بعض القياديين في تلك الجماعات وذلك في مدن مختلفة شمال ووسط سوريا وكذلك في حلب .
لقد بلغت علاقات الفصائل الاسلامية في ما بينها من التعقيدات مدى مفتوحاً على حروب متنقلة وعلى تباعدات سياسية هشمت وجه الوحدة السورية في جسم الثورة فقد انفصل أحرار الشام عن الاخوان المسلمين سياسياً و ايديولوجياً بعد دعم اخواني لهم وانضموا الى مجموعات محافظة لتشكل " الجبهة الاسلامية " التي عارضت بدورها كل من مجلس القيادة العسكرية العليا يعني الجيش السوري الحرّ والفئات الثورية المرتبطة به ورفض ميثاق الجبهة الاسلامية السورية النظام البرلماني التمثيلي معتبراً أن الحكم يجب أن يكون بشرع الله الذي ارتضاه ورفض طروحات العلمنة لأن الاسلام هو دين الدولة .
هذه هي الفصائل المتهمة فعلاً بالتطرف في سوريا والتي تغذي بسبب أو دون سبب دور النظام ويعطي الآخرين من أعداء الارهاب الذريعة الكافية لاعتبار أولوية الأولويات في سورية هي التخلص من الجماعات الارهابية قبل وضع حدّ للأسد .
و تصيح الولايات المتحدة يومياً وتحذر من أنها ستدخل الرقة السورية بقوّات كردية للتخلص من تنظيم الخلافة لقطع رأس الارهاب في سوريا .
لقد تشارك الأسد مع مستفيدين آخرين في انتاج الاسلام الجهادي لأرهبة المعارضة وتشويه صورتها ودفع العالم الى رؤية تطرف مجموعات دون النظر في تطرف الدولة وتبرير ارهابها بسكوت حصد حتى الآن أرواح الملايين من السوريين .